Водныя экасістэмы (азёры, вадасховішчы, сажалкі, рэкі, ручаі і каналы) у структуры зямель Беларусі займаюць 463,5 тыс. га, або 23 % яе тэрыторыі. Усяго ў Беларусі налічваецца 10 780 азёр агульнай плошчай больш за 140 тыс. га, 67 вадасховішч — каля 60 тыс. га, сажалкі рыбалоўнага і комплекснага прызначэння — 35 тыс. га. Рачную сетку ўтвараюць 20,8 тыс. рэк і ручаёў агульнай працягласцю 90,6 тыс. км. Меліярацыйныя каналы пракладзены на 137 тыс. км, з якіх 63,6 тыс. км — магістральныя і адводныя.

Практычна ўся акваторыя водных экасістэм асвоена воднай расліннасцю. У складзе сучаснай аквафлоры Беларусі налічваецца 183 віды сасудзістых раслін, у ліку якіх 114 гідрафітаў: 68 відаў сапраўды водных і 46 паветрана-водных (аэрагідрафітаў), 69 відаў каляводных раслін (гіграфітаў). Сярод іх 16 рэдкіх і знікаючых відаў, якія ўключаны ў Чырвоную кнігу Рэспублікі Беларусь; 52 віды, якія маюць патрэбу ў прафілактычнай ахове; 34 віды гаспадарча каштоўных рэсурсаўтваральных раслін.

У азёрным фондзе рэспублікі вядома 59 азёр, што з’яўляюцца месцамі росту рэдкіх ахоўных відаў воднай флоры, якія ўнесены ў Чырвоную кнігу Рэспублікі Беларусь. З агульнай колькасці азёр, у якіх растуць ахоўныя віды, 29 вадаёмаў знаходзяцца ў межах ААПТ, 30 маюць патрэбу ў ахове. Відавая разнастайнасць флоры азёр значна вышэй, чым рэк, што тлумачыцца вялікай разнастайнасцю біятопаў, якія прадстаўлены ў азёрах рознага тыпу.

Водныя расліны, як неад’емны кампанент воднай экасістэмы, фарміруюць біялагічную разнастайнасць, з’яўляюцца біялагічнымі рэсурсамі і індыкатарамі стану воднага асяроддзя.

У Беларусі да ліку найбольш рэдкіх і каштоўных біятопаў прэсных вод і, адпаведна, раслінных згуртаванняў, якія падлягаюць захаванню ў якасці рэдкіх і тыповых біятопаў, выдзяляюць наступныя катэгорыі вадаёмаў (у адпаведнасці з тыпізацыяй азёр Беларусі па характары і ступені зарастання).

Мезатрофныя азёры з расліннасцю класа Isoeto-Littorelletea і Isoeto-Nanojuincetea. Належаць да палушнікавага падтыпу гідрафітнага тыпу (з перавагай пагружанай расліннасці). Адметная рыса — наяўнасць зараснікаў палушніка азёрнага (віда, уключанага ў Чырвоную кнігу Рэспублікі Беларусь). Таксама ў такіх азёрах расце іншы ахоўны від — лабелія Дортмана.

У Беларусі да вадаёмаў гэтага падтыпу адносяцца 11 азёр: Белае (плошча 1,09 км²), Вялікае Астравіта і Чарбамысла (Полацкі раён), Брэдна (Расонскі раён) у Віцебскай вобласці; Белае (Лунінецкі раён Брэсцкай вобласці) і інш.

Мезатрофныя азёры з бентаснымі згуртаваннямі харафітаў. Адносяцца да харавага падтыпу гідрафітнага тыпу. У складзе пагружанай расліннасці пераважаюць, ці з’яўляюцца адным з дамінантаў, харавыя водарасці. Харавыя азёры пераважна належаць да мезатрофнага генетычнага тыпу, радзей — да эўтрофнага. У раслінных згуртаваннях такіх азёр шмат ахоўных відаў водарасцей — хара (лямцавая, грубая, ломкая, шматкалючкавая, ніткападобная, шурпатая), нітэла грацыёзная, нітэлопсіс прытуплены, а таксама сасудзістых раслін — каўлінія гнуткая і малая, наяда марская, гідрыла кальчаковая, палушнік азёрны, лабелія Дортмана, павойнічак воднаперцавы.

У краіне да гэтага падтыпу адносяцца 29 азёр, размешчаных у паўночнай і паўночна-заходняй частцы краіны: Снуды, Воласа Паўночны і Воласа Паўднёвы (Браслаўскі раён), Бобрыца (Лепельскі раён) у Віцебскай вобласці, Рудакова і Нарач (Мядзельскі раён Мінскай вобласці) і інш.

Натуральныя эўтрофныя і мезатрофныя азёры з пагружанай і (або) плаваючай расліннасцю саюзаў Magnopotamion і (або) Hydrocharition. Па характары і ступені зарастання адпавядаюць гелагідрафітнага тыпу і рдзеставаму падтыпу азёр гідрафітнага тыпу.

Рдзеставы падтып аб’ядноўвае мезатрофныя і эўтрофныя азёры, што зараслі гідрафітамі: гідатафітамі (пагружаныя цалкам або часткова) і плейстафітамі (свабодна плаваюць і маюць лісце, што плавае на паверхні). Сярод пагружанай расліннасці пераважаюць рдзесты, звычайнымі з’яўляюцца эладэя канадская, рагаліснік пагружаны, разак алоэпадобны, шышняк, радзей шаўкавінкі, харавыя водарасці. Сярод плейстафітаў звычайныя жабнік звычайны, гарлачык жоўты, рдзест плаваючы, раскі, гарлачык чыста-белы. Асноўную біямасу ствараюць прыбярэжныя паветрана-водныя расліны: трыснёг звычайны, рагоз вузкалісты, маннік вялікі, аер звычайны, плюшчай прамы і плаваючы.

У гэту катэгорыю біятопаў уключаны таксама старычныя азёры, размешчаныя ў далінах буйных рэк (Прыпяці, Бярэзіны, Дняпра, Сожа, Нёмана) і іх прытокаў.

Дадзеная катэгорыя азёр падтрымлівае існаванне шэрага ахоўных відаў раслін: наяды вялікай, сальвініі плывучай, альдраванды пузырчатай, гарлачыка чыста-белага, вадзянога арэха плывучага, балотнакветніка шчыталістага.

У Беларусі вядома каля 60 рдзеставых і каля 60 гелагідрафітных вадаёмаў. Азёры рдзеставага падтыпу — Вялікія Швакшты (Пастаўскі раён), Ізубрыца (Верхнядзвінскі раён, на мяжы з Расонскім), Малое Белае і Вялікае Белае (Полацкі раён) у Віцебскай вобласці; гелагідрафітнага тыпу — Сіньша (Расонскі раён), Лісна і Асвейскае (Верхнядзвінскі раён) у Віцебскай вобласці, Чырвонае (Жыткавіцкі раён Гомельскай вобласці), Выганашчанскае (Івацэвіцкі раён Брэсцкай вобласці).

Натуральныя дыстрофныя азёры размешчаны, як правіла, сярод верхавых і пераходных балот. Адносяцца да падтыпу мохавых азёр гідрафітнага тыпу. Аснова іх сілкавання — атмасферныя ападкі і балотныя воды, якія маюць кіслую рэакцыю з-за вялікай колькасці гумінавых кіслот.

Большасць дыстрофных азёр сканцэнтравана ў Беларускім Паазер’і.

Аквафлора такіх вадаёмаў змяшчае расліны, якія ўключаны ў Чырвоную кнігу Беларусі: плюшчай злакападобны, гарлачык жоўты малы, гідрыла кальчаковая.

Да мохавага падтыпу належаць 17 азёр, напрыклад Ілава (Шаркаўшчынскі раён) і Махавое (Расонскі раён) у Віцебскай вобласці і інш.

Вадаёмы на карставых участках і ў суфазійных западзінах. Крынічныя азёры на карставых участках — унікальная з’ява для тэрыторыі Беларусі. Яны маюцца там, дзе блізка да паверхні залягаюць мергельна-мелавыя пароды і сустракаюцца суфазійна-карставыя варонкі дыяметрам у некалькі сотняў метраў і глыбінёй больш за 10–15 м, што замаскіраваны покрыўнымі адкладамі. Найбольшая колькасць такіх варонак сустракаецца ў межах Аршанска-Магілёўскай раўніны. Пры гэтым пастаянныя азёры ўтвараюцца вакол крыніц з узыходзячым рухам падземных вод. Самы буйны па плошчы (даўжыня 25 м, шырыня 15 м) і аб’ёму (дэбіт — да 5 тыс. м³ у суткі) выхад падземных карбанатных вод утварае возера — Блакітная крыніца (Слаўгарадскі раён Магілёўскай вобласці).

Раслінны покрыў такіх вадаёмаў развіты слаба, аднак унікальны: прадстаўлены відамі харавых водарасцей і прымацаваных да дна згуртаванняў раслін з плаваючым лісцем (рдзесты, гарлачыкі і да т. п.). У іх фарміруюцца ўнікальныя для Беларусі калоніі пурпурных бактэрый (Purple bacteria).

Вадаёмы ў суфазійных западзінах фарміруюцца ў выніку прасадкі і вылугоўвання паверхневых рыхлых парод, што прыводзіць да стварэння западзін — «сподкаў», найбольш глыбокія з якіх запаўняюцца вадой. Суфазійныя западзіны сустракаюцца ў межах ландшафтаў з покрывам з лёсападобных суглінкаў і мелавымі адорвеннямі (пераважна ў Гродзенскай і Мінскай абласцях), а таксама ў межах лёсавых ландшафтаў у Магілёўскай вобласці.

Гэтыя неглыбокія западзіны (глыбінёй 1–2,5 м) пры шырыні 10–100 м могуць быць запоўненыя вадой на працягу ўсяго года ці ў перыяд пасля снегараставання і ў дажджлівыя сезоны. Для суфазійных вадаёмаў характэрна высокая ступень зарастання водна-балотнай і плаваючай расліннасцю, моцная заіленасць.

Расліннае покрыва сфарміравана відамі класаў Lemnetea (згуртаванняў раслін, якія свабодна плаваюць на паверхні і ў тоўшчы вады не замацаваны) і Phragmitetea (водныя і каляводныя згуртаванні раслін, якія прымацаваны да дна, і тых, што ўзвышаюцца над вадой), развіваюцца зялёныя водарасці.

Раўнінныя вадацёкі з расліннасцю класа Potametea (згуртаванні раслін, што прымацаваны да дна, з лісцем, якое плавае на паверхні або пагружана ў тоўшчу вады). Да іх адносяць рэкі (або іх участкі) з рэчышчамі, якія свабодна меандрыруюць і маюць хуткае цячэнне, з пагружанай і паўпагружанай расліннасцю, што прыстасавана да моцнапраточных вод, якія слаба праграваюцца ў летні перыяд, бяруць пачатак з крыніц і сілкуюцца крынічнымі водамі. Таксама да гэтай катэгорыі адносяцца рэкі (або іх участкі) з рэчышчамі, якія свабодна меандрыруюць і маюць няхуткае цячэнне, з пагружанай, паўпагружанай і плаваючай расліннасцю, што прыстасавана да сярэдне- і слабапраточных вод, якія пераважна добра праграваюцца ў летні перыяд.

Да дадзенай катэгорыі вадацёкаў адносяцца невялікія рэкі на ўсім працягу ад вытоку да вусця (або іх участкі ў натуральным рэчышчы), участкі вярхоўяў буйных рэк, крынічныя ручаі. У складзе флоры гэтых вадацёкаў маецца шэраг ахоўных відаў раслін (сіела, старасцень) і водарасцей (батрахаспермум выразнападобны і гільдэнбрандтыя рачная).